С 2001 года Корпус именовался как «Сухопутный Святого благоверного князя Александра Невского Кадетский Корпус Свято-Алексиевской Пустыни», военно-прикладная подготовка осуществлялась по двум основным направлениям: военно-спортивная, и с созданием в 2008 году духового оркестра, военно-музыкальная. 27 февраля 2011 года при активной поддержке адмиралов и офицеров Военно-морского флота РФ был создан «Морской Святого Праведного Воина Федора Ушакова Кадетский Корпус Свято-Алексиевской Пустыни», таким образом, произошло слияние двух структур в единый объединенный Корпус.
На данный момент существует три основных направления дополнительной военно – прикладной подготовки: военно-спортивная, военно-морская и военно-музыкальная. Все учащиеся распределены по потокам данных направлений и осваивают азы своей специализации во внеучебное время.