С 1999 года при Гимназии создан Кадетский корпус. Полное его название – Объединённый Святого Апостола Андрея Первозванного Кадетский Корпус Свято – Алексиевской Пустыни.
В 2011 году при активной поддержке адмиралов и офицеров Военно-морского Флота в Обители создан Морской Святого Праведного Воина Фёдора Ушакова Кадетский Корпус Свято – Алексиевской Пустыни. 27 февраля 2011 года состоялось торжественное открытие нового Корпуса в присутствии четырёх адмиралов ВМФ и вручение ему Андреевского военно-морского флага высшими офицерами Российского Флота. Таким образом Сухопутный Святого Благоверного Великого Князя Александра Невского Кадетский Корпус был реорганизован в Объединённый Святого Апостола Андрея Первозванного Кадетский Корпус Свято – Алексиевской Пустыни, в состав которого вошли Сухопутный и Морской Корпуса и казачий и музыкальный отдельные взвода.
Для девочек, желающих обучиться основам медицинской помощи, ухода за больными и диаконического служения, а также получить начальную военную подготовку, при Корпусе уже много лет существует Общество сестёр милосердия. Девочки – сёстры помогают в уходе за больными и маленькими детьми в Пустыни и в других государственных и церковных социальных службах и учреждениях. Многие из них после окончания Гимназии продолжают учёбу в медицинских учебных заведениях. Годы, проведённые ими в сестричестве, являются для них хорошей школой милосердия и сострадания к ближним.
«Православная классическая Гимназия-пансион» регулярно участвует в конкурсах на получения поддержки Фонда президентских грантов, Фонда культурных инициатив.
В 2020 году при поддержке Фонда президентских грантов успешно реализован проект Молодежный водный поход на ялах «Андреевский флаг— от Петра I до наших дней», посвященный 300-летию Устава морского Русского военного флота.
Духовой оркестр был создан в 2008 году. Постоянный состав – около 20 человек. Является одним из немногих детских (юношеских) духовых оркестров Ярославской области. За время существования оркестра в нем занимались более 160 человек, сейчас среди них и девочки. Все они являются воспитанниками Кадетского корпуса Свято-Алексиевской Пустыни. Ежегодно оркестр участвует в праздничных мероприятиях как на территории города Переславля-Залесского, так и за его пределами.
В 2020 году при поддержке Фонда президентских грантов был успешно реализован проект «Десант Духового оркестра «Победа-75»», в рамках которого ребята давали концерты в Санкт-Петербурге, парке «Патриот», у Храма Вооруженных сил Российской Федерации, у Ржевского мемориала неизвестному солдату и не только. Также оркестр участвует в музыкальных батлах, фестивалях духовых оркестров.